Paper ballots are not immune from such concerns. The concept of votes being added or removed from a count isn't a new phenomena. So the standard should be whether or not the electronic means are better, rather than them being a perfect counting method.
That depends where the person is. The people managing the process, those doing the counting, have plenty of opportunity for large manipulations. There are safeguards, but the possibility remains and must be accounted for.
IF vote = Clinton AND random <= small error limit not making cheating oblivious THEN vote = Trump;
line in the code?
Easy. Serial numbers. Like any other anonymous system (paper money, raffle tickets etc) you assign a number to every valid ballot. Should the same number appear twice, or not appear, then you know something fishy is happening. Any extra fake ballots should be discovered, so long as the originals are not removed from the systems. Throw the numbers around randomly and creating undetectable fakes become very difficult.
You already have a log of who showed up to vote. Compare the number of shows S with the number of ballots V which must be <= S due to poorly marked/unreadable ballots. Simple.
Edit: and this all statistically correlates with exit polls. It's very, very hard to fake all three of these in order to rig an election.
https://en.wikipedia.org/wiki/Australian_Senate_special_elec...
Which is why it's important to fix this earlier rather than later.
If it's your goal to cast more FUD on the issue, that's your choice. I can't even ask to you be honest about it because that wouldn't be congruent with spreading FUD.
What counts is not who votes, but who counts the votes.
Original in Russian:
Каменев. стараясь снизойти до уровня Сталина, говорит: "А вот по вопросу, как завоевать большинство в партии". - "Знаете, товарищи, - говорит Сталин, - что я думаю по этому поводу: я считаю, что совершенно неважно, кто и как будет в партии голосовать; но вот что чрезвычайно важно, это - кто и как будет считать голоса". Даже Каменев, который уже должен знать Сталина, выразительно откашливается.
На следующий день Сталин вызывает к себе в кабинет Назаретяна и долго с ним совещается. Назаретян выходит из кабинета довольно кислый. Но он человек послушный. В тот же день постановлением Оргбюро он назначен заведующим партийным отделом "Правды" и приступает к работе.
В "Правду" поступают отчеты о собраниях партийных организаций и результаты голосований, в особенности по Москве. Работа Назаретяна очень проста. На собрании такой-то ячейки за ЦК голосовало, скажем, 300 человек, против - 600; Назаретян переправляет: за ЦК - 600, против - 300. Так это и печатается в "Правде". И так по всем организациям. Конечно, ячейка, прочтя в "Правде" ложный отчет о результатах ее голосования, протестует, звонит в "Правду", добивается отдела партийной жизни. Назаретян вежливо отвечает, обещает немедленно проверить. По проверке оказывается, "что вы совершенно правы, произошла досадная ошибка, перепутали в типографии; знаете, они очень перегружены; редакция "Правды" приносит вам свои извинения; будет напечатано исправление". Каждая ячейка полагает, что это единичная ошибка, происшедшая только с ней, и не догадывается, что это происходит по большинству ячеек. Между тем постепенно создается общая картина, что ЦК начинает выигрывать по всей линии. Провинция становится осторожнее и начинает идти за Москвой, то есть за ЦК.
(Stalin faked election by printing reverted votes in «Pravda»).
How do you know if someone decided to throw away some of them?
(While also ensuring voters remain anonymous and allowing voters to verify their votes.)
You have a number of differently affiliated persons watching the proceedings, and having at the end a rough idea of the number of votes that were returned per polling station. Then (with some coordination that should be trivial for the smallest of political parties) those results can be independently reckoned and compared back to the official totals. Any irregularities should be quite obvious. Recounts are probably the Achilles heel of paper ballots, as you need a way to verify that they were not tampered with in the meantime
Compare to voting machines: "Just trust us. You need to have deep domain knowledge in several fields before you can even start to evaluate our trustworthiness (software, hardware, security, etc)... so just trust us. No, you can't examine the machines."
This system just begs for being manipulated.